全书约有200万字，52卷，载药1892种，新增药物374种，载方10000多个，附图1000多幅，成了中国药物学的空前巨着。其中纠正前人错误甚多，在动植物分类学等许多方面有突出成就，并对其他有关的学科（生物学、化学、矿物学、地质学、天文学等等）也做出贡献；达尔文称赞它是“中国古代的百科全书”。

李时珍于1593年逝世，享年75岁（虚岁为76岁）；他逝世后遗体被安葬湖北省蕲春县蕲州镇竹林湖村，李时珍一生着述颇丰，除代表作《本草纲目》外，还着有《奇经八脉考》、《濒湖脉学》、《五脏图论》等十种着作；这位伟大的科学家将永远被世界人民所怀念1551—1557年这段时间内，封建皇帝征如医官，下令各地选拔医技精湛的人到太医院就职，于是在武昌楚王府的李时珍，也被推荐到了北京。

关于李时珍这一段在太医院工作的经历，史学界有诸多争论，有人认为李时珍曾出任太医院院判（正六品），但也有人认为他只是担当御医（正八品）。无论其职位高低，李时珍被荐于朝是不可否认的事实。太医院的工作经历，有可能给他的一生带来了重大影响，为他创造《本草纲目》埋下很好的伏笔。

其实李时珍的工作很辛苦。

这期间，李时珍非常积极地从事药物研究工作，经常出入于太医院的药房及御药库，认真仔细地比较、鉴别全国各地的药村，搜集了大量的资料，同时他还有机会饱览了王府和皇家珍藏的丰富典籍，与此同时他也可能从宫廷中获得了当时有关民间的大量本草相关信息，并看到了许多平时难以见到的药物标本，使他大大开阔了眼界，丰富了知识领域。谈到这一点，就必须联系到明代宫修的另一部着名本草书籍——《本草品汇精要》。

2002年，中国文化研究会全文影印出版了《本草品汇精要》，该书是明孝宗于弘治16年（1503）8月下诏太医院编修的一部国家药典。在司设监太监刘文泰的组织下，一个设有总督、提调、总裁、副总裁、篡修、验药等9种职位的修撰班子组成，包括誊录、绘画人员在内共49人。在经历一年半修订后，药典编纂完成。编撰者按照宋人唐慎微的《证类本草》旧例顺序，把入药之物分为玉石、草、木、果等10部，每部分为上、中、下三品编写，全书共收药物1815种，正文用朱墨两色分写。正文之前绘有精美的彩色写生图达1358幅之多，是中国第一部大型彩绘图书。

同时编撰者还舍弃了当时已比较成熟的雕版印刷技术，而由14位工匠分色缮写文字，8位宫廷画师负责绘图。全书完成后，由明孝宗亲自撰写序言，并仿照《永乐大典》格式装帧成36册，装入楠木盒中保存，是为明代宫廷的正统抄本。但是，此书完稿后仅两个月，明孝宗却意外“驾崩”，其死因成为天大疑案。而原书编纂人员中的49人中有12人涉嫌谋害孝宗皇帝，遭到查办，于是这部明代药典《本草品汇精要》一直封藏在宫中内库里。后不知通过何种途径（传教士或英法联军）于1877年藏入罗马国家图书馆。

李时珍是在距此事约50年左右进入太医院任职的，他不可能对前朝旧事一无所知。而此时孝宗后继位的明武宗已逝，明世宗也已出任皇帝30余年，对故去的疑案未必再加关心，所以封藏在宫中的《本草品汇精要》有可能在不公开的情况下得以窥见，因此不能排除李时珍在太医院工作期间很幸运地看到了此书。也正是由于这个原因，促使他意欲编着一部能超出此书的新本草专着，而在太医院的工作环境是不可能满足他的想法、实现愿望的，因为李时珍淡于功名荣禄，所以在太医院任职没有太长时间，就托病辞职归家了。[1]在李时珍任职太医院前后的一段时期，经长时间准备之后，李时珍开始了《本草纲目》的写作。在编写过程中，他脚穿草鞋，身背药篓，带着学生和儿子建元，翻山越岭，访医采药，足迹遍及河南、河北、江苏、安徽、江西、湖北等广大地区，以及牛首山、摄山（古称摄山，今栖霞山）、茅山、太和山等大山名川，走了上万里路，倾听了千万人的意见，参阅各种书籍800多种，历时27年，终于在他61岁那年（1578年）写成。

《本草纲目》凡16部、52卷，约190万字。全书收纳诸家本草所收药物1518种，在前人基础上增收药物374种，合1892种，其中植物1195种；共辑录古代药学家和民间单方11096则；书前附药物形态图1100余幅。这部伟大的着作，吸收了历代本草着作的精华，尽可能的纠正了以前的错误，补充了不足，并有很多重要发现和突破。是到16世纪为止中国最系统、最完整、最科学的一部医药学着作。

面对浩瀚的本草宝库，如何驾驭、*纵它便成为最关键的问题。可以说这是李时珍最大的贡献之一。他不仅解决了药物的方式、检索等问题，更重要的是体现了他对植物分类学方面的新见解，以及可贵的生物进化发展思想。李时珍打破了自《神农本草经》以来，沿袭了一千多年的上、中、下三品分类法，把药物分为水、火、土、金石、草、谷、莱、果、木、器服、虫、鳞、介、禽、兽、人共16部，包括60类。每药标正名为纲，纲之下列目，纲目清晰。书中还系统地记述了各种药物的知识。包括校正、释名、集解、正误、修治、气味、主治、发明、附录、附方等项，从药物的历史、形态到功能、方剂等，叙述甚详。尤其是“发明”这项，主要是李时珍对药物观察、研究以及实际应用的新发现、新经验，这就更加丰富了本草学的知识。

根据马元俊先生的研究，李时珍在植物学方面所创造的人为分类方法，是一种按照实用与形态等相似的植物，将其归之于各类，并按层次逐级分类的科方法。李时珍将一千多种植物，据其经济用途与体态、习性和内含物的不同，先把大同类物质向上归为五部（即草、目、菜、果、谷为纲），部下又分成30类（如草部9类、木部6类、菜、果部各7类、谷5类是为目），再向下分成若干种。他不仅提示了植物之间的亲缘关系，而且还统一了许多植物的命名方法。

总之，李时珍采用以纲挈目的方法，将《本草经》以下历代本草的各种药物资料，重新进行剖析整理，使近200万字的本草巨着体例严谨，层次分明，重点突出，内容详备。实乃“博而不繁，详面有要”。

虽然《本草纲目》是一部药物学专着，但它同时还记载了与临床关系十分密切的许多内容。原书第三、第四卷为“百病主治药”，记有113种病症的主治药物，其中第三卷外感和内伤杂病中，就包括有专门治疗伤寒热病、咳嗽、喘逆类的药物，第四卷则主要为五官、外、妇、儿科诸病。原书中明确提出能治疗瘟疫的药物有：升麻、艾叶、腊雪、丹砂、阳起石、火药、大青、麻黄、威灵仙、葎草、大麻、大豆豉、葫、竹笋、梨、松、猪苓、竹、石燕、犀、桃蠹虫等20余种。

此外，《本草纲目》中收载各类附方11096首，涉及临床各科，包括内科、外科、妇科、儿科、五官科等，其中2900多首为旧方，其余皆为新方。治疗范围以常见病、多发病为主，所用剂型亦是丸散膏丹俱全，且许多方剂既具科学科，又有简便廉验之特点，极具实用性。