府中官吏倪寻、李延同时来就诊，都是头痛发烧，病痛的症状正相同。华佗却说：“倪寻应该把病邪泻下来，李延应当发汗驱病。”有人对这两种不同疗法提出疑问。华佗回答说：“倪寻是外实症，李延是内实症，所以治疗他们也应当用不同的方法。”说完，马上分别给两人服药，等第二天一早两人一同病好起来了。
华佗由于治学得法，医术迅速提高，名震远近。正当华佗热心在民间奉献自己的精湛医术时，崛起于中原****中的曹*，闻而相召。原来曹*早年得了一种头风病，中年以后，日益严重。每发，心乱目眩，头痛难忍。诸医施治，疗效甚微。华佗应召前来诊视后，在曹*胸椎部的鬲俞穴进针，片刻便脑清目明，疼痛立止。曹*十分高兴。但华佗却如实相告：“您的病，乃脑部痼疾，近期难于根除，须长期攻治，逐步缓解，以求延长寿命。”曹*听后，以为华佗故弄玄虚，因而心中不悦，只是未形于色。他不仅留华佗于府中，还允许他为百姓治病。
刮骨疗伤千百年来，人们传说的华佗给关公"刮骨疗毒"的故事，更是脍炙人口。
三国初期的时候，有一次，关羽到樊城去攻打曹*，右臂被毒箭射中。后来，伤口渐渐肿大，十华佗分疼痛，不能动弹。经有名医生多方诊治，始终无效。一天，关羽和他的部将正在发愁。忽然，部下前来报告，说医生华佗要进见。关羽说："请进帐来！"华佗进来后，关羽说："您如果能把我的右臂治好，我是感谢不尽的。”
华佗说；"我正是为治您的病才来的。办法倒是有，只是怕您忍受不了疼痛。"关羽听后笑了笑说："我是一个久经沙场、出生入死的军人，千军万马尚且不怕，疼痛有什么了不起！"华伦说："那就好了。您中的箭是乌头毒箭，现在毒已入骨。我准备在房梁上钉上一个铁环，把您的右臂伸进铁环中去，再把您的眼睛蒙上，然后给您动手术。"关羽说："不用什么铁环，你就给我治吧！"翌日，关羽设宴犒劳华佗。饮宴完毕，关羽一边和谋士对弈，一边袒胸伸出右臂。华佗抽出消过毒的尖刀，割开关羽的胳膊，骨头已变成青色。他用刀"咔喳咔喳"地将骨头上的箭毒刮净，而后缝合复原，敷上药，包扎好。手术时，关羽疼痛难忍；手术后，关羽站起来对华伦说："现在我的右臂不疼了，您真是妙手回春啊！"这是《三国演义》和湖北《襄阳府志》上记载、在民间广为流传的一个根据事实虚构的故事。关羽虽然有刮骨疗伤，但是华佗早已在几年前死去。这个故事原本是颂扬关羽有毅力，能忍耐，同时也说明了华佗外科医术高明，博得人们的称赞和敬佩。他是我们外科医学的鼻祖。
关羽水淹七军，擒于禁，斩庞德之后，对曹仁又大喊：“曹仁匹夫，庞德、于禁皆非我的对手，何况尔等鼠辈，还不早早开城投降，更待何时啊？”曹仁下令：“齐发毒箭！”曹兵万箭齐发，关羽被一支毒箭射中，毒箭射中了他的右臂，后来请了神医华佗来帮关羽治伤。关羽见到华佗连忙说：“请！在下偶得小恙，先生在江东如何得知？呃请用茶！”华佗接过茶问道：“君侯伤在右臂？”关羽点了点头，华佗说：“那请解衣吧！”关羽说：“先生一路辛苦，暂且歇息，来日再治不迟啊！”华佗说：“君侯的身体要紧，焉能拖延？快请解衣吧！”关羽脱下衣服，华佗看了看关羽的伤口说：“这是弩箭所伤，箭头有毒，可透肌骨啊，万幸啊，晚治二三日，此臂只恐难保。”关羽问：“哦？如此说来，先生有法医治？”华佗笑了笑说：“我既来此，自有疗法，只是……”关羽说：“先生，我一向视死如归，有何惧哉？请问先生究竟如何治法？但讲无妨！”华佗说道：“先在一清静处立一标注上钉一只大环，请君侯将伤臂穿于环中，用绳索系住，再取厚被蒙住将军头脸，然后方能动手疗毒。”关羽不明白的问道：“先生治我右臂，蒙头脸却是为何？”华佗答道：“凡是治骨，都须如此，因治疗时，皮肉外翻，血流如注，伤者看见自然万分惊骇、浑身颤抖，我便无法下手。
”关羽问：“先生医治时，莫非用刀？”华佗说：“先用尖刀割开皮肉，直至于骨，刮去骨上箭毒，将药敷好，再用细线缝合伤口，方可无事。”关羽点了点头又问：“不知先生之刀是何模样？”华佗把小刀拿出来给关羽，关羽看了看说：“此刀比我青龙刀小巧百倍，锋利则过之！呵呵”华佗说：“将军过奖，只是……”关羽问：“恐我惧怕？哈哈哈哈哈，割开皮肉，直至于骨，如此则容易。”关羽叫义子关平备酒，叫马良陪他对弈，关羽喝酒下棋，华佗在一旁坐着，关羽问：“华佗先生，为何还不动手啊？”华佗说：“呃…我在等候将军，标柱铁环可曾准备好啊？”关羽笑了笑：“给我动刀，不用标柱铁环！”华佗站起来说：“将军，这疼痛难以承受啊！”关羽喝了一口酒说：“我并非世间俗子，何惧疼痛？”华佗连忙说：“可将军也是血肉之躯呀！”关羽说：“我闻先生曾为东吴周泰治愈刀伤，其伤情比我如何？”华佗想了想说：“不错，东吴周将军身负刀伤数十处，其状甚惨，但伤处无毒，只需敷药将养，自能痊愈，并无割肉刮骨之痛啊！”关羽说：“华佗先生，我戎马一生，视死如归，这刮骨之痛，何足惧之？何况先生是救我的手臂，我能承受，趁我酒性未散，请先生大胆动手吧！”华佗无奈的点了点头，又洗了洗手，将刀放在开水里煮了一会儿，关羽一边在一旁喝酒下棋，一边伸出臂膀让华佗切开，关羽的右臂鲜血淋漓，脸上出了些虚汗，手中的棋子掉了下去，他看了一眼华佗，露出了一些笑容，回过头来，又把掉落的棋子拾起，继续下棋，华佗刮骨，关羽喝酒，手下的官都焦急的等待着，关羽下棋下着下着笑了起来，又喝了喝酒，此时，华佗已经将药敷好包扎上了。华佗说：“将军，已治完矣！”关羽立即抬头问：“啊？如此神速？”关羽手下的官臣们都过来看他，但是华佗却晕了过去，关羽马上给华佗喝了口水：“华佗先生，华佗先生……”华佗醒了过来，说道：“将军，我华佗行医一生，所治病人何止千万，还从未见过有如将军者呀！将军真乃天神也呀！”关羽说道：“先生，我戎马一生，不过稍能忍痛而已，怎比先生神术，起死回生，令人钦佩！”华佗连忙说：“区区小技，何足道哉，何足道哉，将军气概世所罕见呐！哎，华佗能结识将军，得为将军治伤，真不枉行医一生矣！”关羽说：“先生过奖了！”二人一阵笑。这时，关羽感觉右臂好多了：“哎？妙哉！此臂已伸屈自如，并无疼痛，哎呀，先生真神医也！”华佗连忙说：“岂敢，岂敢，将军，箭毒虽除，还需调养百日，切勿动怒，方可复原！我留药一贴，请将军敷用。”关羽接过药：“多谢先生！”华佗临走时，关羽拿了一些金子，对华佗说：“关羽深知华佗先生非金可致，只是略备川资，聊寄敬谢之忱，并无他意，还望先生收下！”华佗问道：“这是何意？”关羽说：“先生……”，华佗打住关羽的话说道：“久闻将军乃天下英雄忠义之士，我特意远道赶来为将军治伤，岂是为此酬报耶？得识将军，余愿足矣，此物断不可收！将军珍重，诸位，告辞了！”说着，华佗上船走了，关羽喊道：“先生……，”但是华佗已经走远了，关羽拱手感叹道：“先生神术，造福苍生，先生请多保重！”
公元220年，曹**纵朝政，自任丞相，总揽军政大权，遂要华佗尽弃旁务，长留府中，专做他的侍医。
这对以医济世作为终身抱负的华佗来说，要他隔绝百姓，专门侍奉一个权贵，自然是不愿意的。何况，曹*早年为报父仇，讨伐徐州的陶谦，坑杀徐州百姓数万人，尸体壅塞，泗水为之不流，接着又连屠取虑、夏丘诸县，所过“鸡义亦尽，墟邑无复行人”。徐州是华佗后期行医和居住之地，与百姓休戚与共，内心岂不愤慨！因而决心离开曹*，便托故暂回家乡，一去不归。据《三国志》记载，华佗回家后，曹*曾经多次写信催他回来，还曾命令郡县官员将华佗遣送回来，但是华佗均以妻病为由而不从。曹*恼羞成怒，遂以验看为名，派出专使，将华佗押解许昌，严刑拷问。面对曹*的*威，华佗坚贞不屈，矢志不移。曹*益怒，欲杀华佗。虽有谋士一再进谏，说明华佗医术高超，世间少有，天下人命所系重，望能予以宽容，但曹*一意孤行，竟下令在狱中处决。华佗临死，仍不忘济世救民，将已写好的《青囊经》取出，交狱吏说：“此书传世，可活苍生。”狱吏畏罪，不敢受书。华佗悲愤之余，只得将医书投入火中，一焚了之。后来，曹*的头风病几次发作，诸医束手，他仍无一丝悔意，还说，“佗能愈吾疾，然不为吾根治，想以此要挟，吾不杀他，病亦难愈。”直到这年冬天，曹*的爱子曹冲患病，诸医无术救治而死，这时曹*才悔恨地说：“吾悔杀华佗，才使此儿活活病死。”
华佗被害至今已经快两千年了，但人民还永远怀念他。江苏徐州有华佗纪念墓；沛县有华祖庙，庙里的一副对联，抒发了作者的情，总结了华佗的一生：“医者刳腹，实别开岐圣门庭，谁知狱吏庸才，致使遗书归一炬士贵洁身，岂屑侍奸雄左右，独憾史臣曲笔，反将厌事谤千秋。”
医学大成《隋书·经籍志》记有“华佗枕中灸刺经”一卷，已佚。《医心方》所引《华佗针灸经》可能是该书的佚文，《太平圣惠方》引有“华佗明堂”之文。从现存佚文看，《华佗针灸经》所载腧穴名称及定位均与《黄帝明堂经》有较大不同。
在华佗成长的过程中，除受到中原文化的熏陶外，盛产药材的家乡也给他以不少的影响。谯县出产多种药材，如“亳芍”、“亳菊”，早已闻名天下。再加水陆交通较为发达，所以谯县自古就是一个药材的集散中心。幼年的华佗在攻读经史的同时，也留心医药，当地传说他曾在泥台店一带读书养性，学医识药。中年以后，华佗因中原****而“游学徐土”。徐州是江淮重地，有郡、国六，下辖六十二个城、邑，人口二百余万，首府为彭城（今江苏徐州）。民间传说他就住在彭城附近的沛国（今江苏沛县）。其实华佗的行医足迹，遍及当时的徐州、豫州、青州、兖州各地。根据他医案中所及地名查考，大抵是以彭城为中心，东起甘陵（今山东临清）、盐读（今江苏盐城），西到朝歌（今河南淇县），南抵广陵（今江苏扬州），西南直至谯县（今亳州市谯城区），即今江苏、山东、河南、安徽等省广大地区，方圆达数百平方公里。在行医的同时，为了采药他还先后到过朝歌、沛国、丰县（今江苏丰县）、彭城卧牛山、鲁南山区和微山湖。由于行踪地域广阔，又深入民间，华佗成了我国历史上民间传说众多的医家。
就这样，经过数十年的医疗实践，华佗的医术已达到炉火纯青的地步。他熟练地掌握了养生、方药、针灸和手术等治疗手段，精通内、外、妇、儿各科，临证施治，诊断精确，方法简捷，疗效神速，被誉为“神医”。对此，《三国志》、《后汉书》中都有一段内容相仿的评述，说他善于养生（“晓养性之术，时人以为年且百岁而貌有壮容”），用药精当（“又精方药，其疗疾，合汤不过数种，心解分剂，不复称量，煮熟便饮，语其节度，舍去辄愈”），针灸简捷（“若当针，亦不过一、两处，下针言，‘当引某许，若至，语人’，病者言‘已到’，‘应便拔针，病亦行差’”），手术神奇（“刳剖腹背，抽割积聚”、“断肠滴洗”）。所留医案，《三国志》中有十六则，《华佗别传》中五则，其他文献中五则，共二十六则，在先秦和两汉医家中是较多的。从其治疗范围看，内科病有热性病、内脏病、精神病、肥胖病、寄生虫病，属于外、儿、妇科的疾病有外伤、肠痈、肿瘤、骨折、针误、忌乳、死胎、小儿泻痢等等。
华佗一生有弟子多人，其中彭城的樊阿、广陵的吴普和西安的李当之，皆闻名于世。为了将医学经验留传于后世，华佗晚年精心于医书的撰写，计有《青囊经》、《枕中灸刺经》等多部着作，可惜失传。吴普遵照华佗的医术治病，许多人被治好救活了。华佗对吴普说：“人的身体应该得到运动，只是不应当过度罢了。运动后水谷之气才能消化，血脉环流通畅，病就不会发生，比如转动着的门轴不会腐朽就是这样。因此以前修仙养道的人常做“气功”之类的锻炼，他们摹仿熊攀挂树枝和鸱鹰转颈顾盼，舒腰展体，活动关节，用来求得延年益寿。我有一种锻炼方法，叫做“五禽戏”，一叫虎戏，二叫鹿戏，三叫熊戏，四叫猿戏，五叫鸟戏，也可以用来防治疾病，同时可使腿脚轻便利索，用来当作“气功”。身体不舒服时，就起来做其中一戏，流汗浸湿衣服后，接着在上面搽上爽身粉，身体便觉得轻松便捷，腹中想吃东西了。”
吴普施行这种方法锻炼，活到九十多岁时，听力和视力都很好，牙齿也完整牢固。樊阿精通针疗法。所有的医生都说背部和胸部内脏之间不可以乱扎针，即使下针也不能超过四分深，而樊阿针刺背部穴位深到一二寸，在胸部的巨阙穴扎进去五六寸，而病常常都被治好。樊阿向华佗讨教可以服用而且对人体有好处的药方，华佗便拿“漆叶青黏散”教给他。药方用漆叶的碎屑一升，青黏碎屑十四两，按这个比例配制，说是长期服用此药能打掉三种寄生虫，对五脏有利，使身体轻便，使人的头发不会变白。樊阿遵照他的话去做，活到一百多岁。漆叶到处都有，青黏据说生长在丰、沛、彭城和朝歌一带。