改革必然要触及既得利益，必然会遭到方方面面的反对。秦孝公没有采取强制压迫的办法，而是把大臣们召集在一起辩论，以理服人。既让主张改革的商鞅说话，也让反对改革的甘龙、杜挚说话，各自把自己要说的东西都讲出来，看看谁更有道理。直至商鞅以无可辩驳的事实，使反对派哑口无言，才称之为“善”，才任命商鞅为左庶长，“卒定变法之令”。这说明，秦孝公是民主的，是善于听取不同意见的，也是善于统一思想的。

既用商鞅，孝公对其信任始终如一。在变法前商鞅曾要求秦孝公答应他三个条件，其中之一就是国君对变法主政大臣必须深信不疑，不受挑拨离间。否则，权臣死而法令溃。秦孝公欣然答应，并说：“三百年来，变**臣皆死于非命，此乃国君之罪也。你我君臣相知，终我一世，绝不负君！”孝公言行一致。在商鞅改革之初，“百姓苦之”；商鞅相秦十年，“宗室贵戚多怨王者”，秦孝公始终没有动摇对商鞅的信任，甚至孝公在病重时，曾打算把君位让给商鞅。正是因为这样的信任，才使商鞅能放开手脚推行改革。

孝公的可贵之处还在于以实际行动支持商鞅的改革。改革前，孝公就允诺商鞅，执法不避权贵。新法一旦推行，举国唯法是从，即或宫室宗亲，违法亦与庶民同罪。新法实施以后，遭到了一些旧贵族的强烈反对，这些旧贵族暗暗串通太子的师傅公子虔和公孙贾，挑动太子驷犯法，企图打开一个缺口，破坏整个变法事业。商鞅毫不动摇，对秦孝公说：“法之不行，自上犯之。”将法太子。秦孝公完全同意。考虑到太子是国君的继承者，不能用刑，便处罚了太子的老师公子虔和公孙贾，一个割了鼻子，一个脸上刺了字。从此，再也没有人敢公开反对新法了。

新法推行了十年，秦国百姓都非常高兴，路上没有人拾别人丢的东西为己有，山林里也没了盗贼，家家富裕充足（行之十年，秦民大说，道不拾遗，山无盗贼，家给人足）。人民勇于为国家打仗，不敢为私利争斗，乡村、城镇社会秩序安定（民勇于公战，怯于私斗，乡邑大治）。当初说新法不方便的秦国百姓又有来说法令方便的（秦民初言令不便者有来言令便者），卫鞅曰：“这都是扰乱教化的人（此皆乱化之民也）”，于是把他们全部迁到边疆去。此后，百姓再没人敢议论新法了（尽迁之于边城。其后民莫敢议令）。

《史记.商君列传》记载：其后民莫敢议令。于是任命卫鞅为大良造〔或称大上造，商鞅分爵位为二十级中的十六级，以下既是爵位名称又是官职名称，其上有爵无职〕。率领着军队围攻魏国安邑，使他们投降（于是以鞅为大良造。将兵围魏安邑，降之）。

过了三年，秦国在咸阳建筑宫廷城阙，把国都从雍地迁到咸阳（居三年，作为筑冀阙宫庭于咸阳，秦自雍徙都之）。下令禁止百姓父子兄弟同居一室（而令民父子兄弟同室内息者为禁）。把零星的乡镇村庄合并成县，设置了县令、县丞，总共合并划分为三十一个县（而集小（都）乡邑聚为县，置令、丞，凡三十一县）。废除井田重新划分田塍的界线，鼓励开垦荒地，而使赋税平衡（为田开阡陌封疆，而赋税平）。统一全国的度量衡制度（平斗桶权衡丈尺）。

施行了四年，公子虔又犯了新法，被判处劓刑（行之四年，公子虔复犯约，劓之）。

过了五年，秦国富强，周天子把祭肉赐给秦孝公，各国诸侯都来祝贺（居五年，秦人富强，天子致胙于孝公，诸侯毕贺）。

《史记.秦本纪》记载：公元前355年，孝公与魏惠王在杜平会盟（七年，与魏惠王会杜平）。

公元前354年，秦国与魏国在元里交战，取得胜利（八年，与魏战元里，有功）。

公元前352年，卫鞅任大良造，率兵包围了魏国安邑，使安邑归服了（十年，卫鞅为大良造，将兵围魏安邑，降之）。

公元前350年，修造咸阳城，筑起了公布法令的门阙，秦国就迁都到咸阳（十二年，作为咸阳，筑冀阙，秦徙都之）。把各个小乡小村合并为大县，每县设县令一人，全国共有四十一个县（并诸小乡聚，集为大县，县一令，四十一县）。开辟田地，废除了井田制下的纵横交错的田埂（为田开阡陌）。这时秦国东边的地界已经越过了洛水（东地渡洛）。

公元前348年，开始制定新的赋税制度（十四年，初为赋）。

公元前343年，天子赐予霸主称号（十九年，天子致伯）。公元前342年，诸侯都来祝贺（二十年，诸侯毕贺）。秦国派公子少官率领军队与诸侯在逢泽会盟，朝见天子（秦使公子少官率师会诸侯逢泽，朝天子）。

公元前340年，卫鞅攻打魏国，俘虏了魏公子卬（二十二年，卫鞅击魏，虏魏公子卬）。秦孝公封卫鞅为列侯，号为商君（封鞅为列侯，号商君）。

公元前338年，秦国与魏军在岸门作战，俘虏了魏国将军魏错（二十四年，与晋战雁门，虏其将魏错）。