皇太极对明的情报工作是出色的，崇祯同袁崇焕的那番谈话皇太极很快就知道了。他审时度势，觉得这将是实施他“借刀杀人”，除掉自己眼中钉，肉中刺的敌对强手的大好机会，于是在明崇祯二年（1629年，后金天聪三年）正月，主动给袁崇焕写信提出明金和谈，企图借袁崇焕之手先除掉毛文龙，以解决日后南下征明，毛文龙在身后牵制之忧。

正如皇太极所料，袁崇焕求和的心理是迫切的，他深知上一年向崇祯许下的“5年复辽”不过是一张空头支票，幻想通过跟皇太极和谈，诱使后金退还已被攻占的辽东。经过皇太极与袁崇焕之间，信使的多次往返，公开或秘密的几度和谈，皇太极“佯许还辽”，“使杀文龙”，终于得到袁崇焕的“答书密允”，袁崇焕萌动了对毛文龙的杀机。明崇祯二年（1629年，后金天聪三年）六月，袁崇焕借前往辽阳前线视察之机，亲率一支由水手和甲士组成的小分队，渡海来到毛文龙所在的海岛营寨，他以慰问为名向毛文龙的部众放了10万两饷银，并在毛文龙的陪同下检阅军队和表讲话。许多听者都被袁崇焕慷慨激昂的演说感动了，讲台下一片涕泣声。突然袁崇焕的话锋一转，面向站在身旁的毛文龙列举了12项该问斩的罪状，随即对环列自己左右的亲兵一声大喝：“还不给我动手！”一名手捧崇祯所赐尚方宝剑的魁梧甲士，乘毛文龙正惊愕不备，挥剑将他斩于阅兵台前。崇祯帝在接到袁崇焕斩毛文龙的奏报后，十分震惊，但事已至此，又正是要用他抵抗后金的时候，只好对他先斩后奏的行为表示赞同，不过在内心里却从此对这位袁大将军产生了疑忌，因为当时的京师正盛传一种流言：毛文龙了解袁崇焕同皇太极不少和谈机密，毛文龙的被斩同袁崇焕杀人灭口有联系。

皇太极听到毛文龙被杀，高兴得了不得，不仅对袁崇焕只字不提“归还辽东”之事，并大胆构思了一个置袁崇焕于死地的反间计。就在毛文龙死后不到4个月，皇太极亲统10万大军，避开明军重兵设防的宁、锦一线，向山海关以西绕道内蒙，从喜峰口进入关内，接着攻占遵化，围攻蓟州，这一年的十一月中旬，后金兵的前锋进抵北京城下。

崇祯帝更是急得心慌意乱，不知该怎么办才好，后来听说袁崇焕带兵赶到，心才定了一些。他亲自召见袁崇焕，慰劳了一番。但是一些魏忠贤的余党却散布谣言，说这次后金兵绕道进京，完全是袁崇焕引进来的，说不定里面还有什么阴谋呢。

崇祯帝是个猜疑心极重的人，听了这些谣言，也有些怀疑起来。正在这个时候，有一个被金兵俘虏去的太监从金营逃了回来，向崇祯帝密告，说袁崇焕和皇太极已经订下密约，要出卖北京。这个消息简直像晴天霹雳，把崇祯帝惊呆了。

原来，明朝有两个太监被后金军俘虏去以后，被关在金营里。有天晚上，一个姓杨的太监半夜醒来，听见两个看守他们的金兵在外面轻声地谈话。

一个金兵说：“今天咱们临阵退兵，完全是皇上（指皇太极）的意思，你可知道？”

另一个说：“你是怎么知道的？” 一个又说：“刚才我就看到皇上一个人骑着马朝着明营走，明营里也有两个人骑马过来，跟皇上谈了好半天话才回去。听说那两人就是袁将军派来的，他已经跟皇上有密约，眼看大事就要成功啦……”

姓杨的太监偷听了这番对话，趁看守他的金兵不注意，偷偷地逃了出来，赶快跑回皇宫，向崇祯帝报告。崇祯帝听了也信以为真。他哪里知道，这个情报完全是假的。两个金兵的谈话是皇太极预先布置的。

崇祯帝命令袁崇焕马上进宫。袁崇焕接到命令，也不知道生了什么事，匆忙进了宫。崇祯帝拉长了脸，责问说：“袁崇焕，你为什么要擅自杀死大将毛文龙？为什么金兵到了北京，你的援兵还迟迟不来？”

袁崇焕不禁怔了一下，这些话都是从哪儿说起？他正想答辩，崇祯帝已经喝令锦衣卫把袁崇焕捆绑起来，押进大牢。

有个大臣知道袁崇焕平日忠心为国，觉得事情蹊跷，劝崇祯帝说：“请陛下慎重考虑啊！”

崇祯帝说：“什么慎重不慎重？慎重只会误事。”

崇祯帝拒绝大臣的劝告，一些魏忠贤余党又趁机诬陷。第二年八月，以叛国罪将袁崇焕凌迟处死。据目击者说，当时刑场围观的群众恨透了卖国贼，袁崇焕处死后人们争食其肉。其实这是一桩大冤案，直到清乾隆修编国史时，真相才大白于天下。