永宁元年（1617年）七月十七日，秀保正室（菊御台）诞下秀保七子，后取名丰臣秀孝，封北大和（新庄）、河内部分共计三十二万石，世称“新庄藩”。

不久，后阳成天皇崩御，秀保力主原秀吉养子、后阳成天皇之弟八条宫智仁亲王为天皇，因崩御后追号后花山院，故后世多称为后花山天皇，念及年号刚改，天皇即位后并未急于改元，仍使用“永宁”。

面对基督教的蔓延，秀保决定进一步贯彻丰臣秀吉时代的《伴天连追放令》，驱逐外国传教士出境并且将传教与南蛮贸易严厉区分开来，对信仰基督教的大名进行诸多限制，希望他们放弃基督教信仰。

同时，从明国邀请高僧渡海传播佛法，进一步加强神佛习合力度，用以抗衡和削弱基督教在日本的影响。

次年三月，为加强中央集权，避免地方豪强做大，化解历代幕府后期都会出现的不稳定因素，进一步维护统治，幕府颁布《一城一国令》，各地大名基本执行后，幕府于永宁四年（1620年）又颁布《推恩令》，史称“永宁双令”。

《一城一国令》要求除幕府特准外，在一国（指令制国或大名的藩）中，大名主城或居城只能保留一个，其余的城必须全部废除。但是，当大名领有多个令制国时，领有的各令制国各准予保留一城，如毛利秀元坐拥安艺、备后两国，故除了主城广岛城外，备后福山城也准予保留。

《推恩令》则规定大名去世后，除嫡长子继承家督外，其他嫡、庶子嗣也可分得所藩一部分土地成为支藩，大名可对此进行申诉，由幕府最终定夺（事实上只有少数谱代获准除外），支藩按照《一城一国令》要求另觅平原处建设居城，所需费用由主藩和支藩自行支出。后续藩政困难且主藩难以支援时，可向幕府申请上交封地进而获得优渥的待遇。

“永宁双令”的颁布让安定许久的天下再起波澜，让秀保没想到的是，最先反对的竟是自己的亲家、山形藩主最上义康，他的兄弟最上义亲、清水义清、山野边义忠在最上义光病逝后就一直觊觎从他庞大的遗产中分一杯羹，幕府的这个政策，更是给了他们可乘之机。

虽说最上义光在《推恩令》颁布六年前去世，但幕府规定，开幕（即庆长八年）以后继任藩主的兄弟都可援引《推恩令》对早先继承情况提出申诉，由幕府决定是否适用。

最上氏内部这么大的骚动，幕府显然不会坐视不管，专门派遣使者赴出羽调查调和。

此时，仙台藩主伊达政宗也因子嗣众多，恐去世后家中生变，表态反对《推恩令》。此外，佐土原藩主岛津忠恒也号召数家大名联合抵制，史称“庚申之乱”或“推恩之乱”。

秀保其实在《一城一国令》颁布时就对此早有准备，他一方面调动军队积极备战，威慑不轨大名，另一方面利诱大名家中的支持者（如庶子和兄弟等），从内部分化反对势力。

十月二十八日，最上义康三弟清水义清于米泽城起兵，作为先锋攻打山形城，蒲生秀行、上杉景胜屯兵山形藩边界；伊达政宗庶子派遣忍者于当夜刺杀伊达政宗于仙台，伊达家陷入混乱。

十一月三日，最上义亲作为内应打开城门，最上义康投降。检地后，最上氏石高达七十八万。

幕府商议决定，勒令最上义康退隐，以义康嫡子最上义兴（秀保的女婿）为家督，继承山形、最上两郡三十三万石，仍称山形藩；

最上义亲继承田川郡九万五千石，称庄内藩；

清水义清继承置赐郡十八万石，称米泽藩；

四弟山野边义忠继承饱海、雄胜两郡八万石，称岩崎藩；