前文已经讲过，同盟会实际是三派反清势力的组合，孙文的兴中会，主要是广东派。黄兴、宋教仁的华兴会，主要是湖南派。还有就是章炳麟、陶成章的光复会（秋瑾属于这一派），主要是江浙派。迫于清廷的压力，三派联合而成同盟会，实际上内部一直没有彻底得到整合。
自1906年湘赣边界会党起义之后，同盟会组织的一系列武装暴动在龙谦部主力南移后无一不以惨败告终，损失惨重。这导致了以孙中山为代表的广东派的力量极大削弱和由之而来的内讧。
首先是以陶成章为首的光复会与同盟会分裂。本来，光复会的第一领袖是章炳麟，其人于1906年6月在上海出狱，到了日本，受到同盟会会员与留日学生的热烈欢迎。同盟会机关报《民报》改由章炳麟主编。当时，在同盟会内，除掉孙中山，黄兴，章炳麟也是有声望的领导人，尤其是章，因为其学识渊博，在知识界享有极高的威望。但章炳麟因不满孙文日显霸道的作风，章炳麟于1907年离开了同盟会回国了，一面研究他的学问，一面撰写一些时评文章。章走后，浙江人陶成章成为了光复会这一派的首领。孙文长期在外面飘泊，1907年底对孙文不满的陶成章在东京鼓动了一些同盟会员，主张召开大会，罢免孙中山的总理职务，推举黄兴继任。但与黄兴走的很近的主持同盟会日常事务的刘揆一却不赞成这一做法。所以陶成章的提议并未实现，但裂痕已经产生。1908年陶成章与光复会的一些人到新加坡和荷属东印度（印度尼西亚）各地活动，重新整顿和恢复光复会的组织，明确表示反对同盟会的领导。这种情况下，陶与孙是不能再合作下去了。
其次就是长江流域各省的同盟会会员对孙中山致力于在华南发动起义不满。1907年秋，他们在日本组织了“共进会”，虽不算是脱离同盟会，但事实上已是与同盟会并行的组织。他将同盟会纲领中“驱除鞑虏，恢复中华、平均地权、建立民国”四句话中的平均地权改为了平均人权这样不伦不类的口号，再次印证了龙谦所言的平均地权口号的不合时宜。而其组织形式依然延续了会党的“开香堂、结盟入伙”的办法，也证明了其落后性。
孙文为首的广东派认为。随着龙谦北伐主力进入湖南，两广将再次出现真空。有利于同盟会在两广的活动，主张继续以两广为目标进行“革命”。胡汉民、汪兆铭是这一主张的支持者，但孙文的主张立即遭到了陶成章、谭人凤及宋教仁的反对。特别是宋教仁，毫不客气地指出，由于龙谦军事集团断然与满清决裂，而且打出了建立“共和民主之新中国”，完全值得我们与之合作。现在大家又站到一条战线了，反清成为了共同的目标，怎么能去龙谦的大后方搞起义呢？这不是帮满清鞑子吗？这样做让全国百姓如何看待同盟会？
宋教仁的责难得到了谭人凤的支持。谭人凤认为龙谦部前锋已出韶关。兵锋直指衡阳，可见他是以武昌为战略目标的。我们要抢在他之前在武昌动手，这两年我们一批同志成功打入了第八镇新军部队，在武昌也建立了文学社等组织，具备举事的基础。而满清鞑子的注意力已经被龙谦所吸引，这就给我们举事创造了条件。
在这种情况下，应将主要力量投入武昌，假如我们在龙谦大军逼近武昌之前夺取武汉三镇，将形成可以与龙谦对话的局面，一方面给清廷以严厉打击，另一方面也显示了我们的力量。不然。将来我们在国内将无立足之地！
关键在后一条。
谭人凤的潜意识里，龙谦暴露了如此庞大的实力，反清必成。满清垮台后的政治格局才是同盟会应当关注的目标。当然，谭人凤的主张是与龙谦军事集团建立统一战线的。
孙文闻言勃然变色。未等他反驳，陶成章开言道，我倒觉得在江浙举事更为可行。为什么呢？龙谦攻击目标指向武昌。必然无暇顾及东南。同时也将清廷的力量吸引于长江中游了。江浙成为了真空，而且，最近在上海爆发的橡胶股票危机有蔓延态势，对钱庄票号已是极大的打击，因此更为我们举事创造了条件。我认为，应当在江浙干。
胡汉民知道孙文的心思，开口道，诸位，在确定行动方向前，我们先得搞清楚一个问题，那就是龙谦是个什么东西？他是我们的敌人还是朋友？三年来，龙谦手上沾了我们多少血？怎么能图谋与他合作呢？
“就是这个问题。龙谦跟满清一样，都是革命的死敌！”孙文叫道。
“我不同意。”宋教仁说道，“龙谦曾经是我们的敌人，但现在不是了。我们的目标是推翻满清，建立民国，龙谦也在干着推翻满清的事，我们总不能和满清联合吧？那样岂不是更无颜面见九泉下的烈士？”
“钝初说的是。从前是敌人，现在未尝不能做朋友。”说话的是陶成章。自意外获悉秋瑾尚在人世，而且出任蒙山军总政治部宣传部长后，陶成章对龙谦集团的观感自然变了。
孙文脸色铁青，“既然如此，同盟会解散好了。有力量可以另组一党。”
宋教仁闻言大惊，“此话怎讲？”
孙中山冷声道，“党员肆意攻击总理，没有总理安有同盟会？”
谭人凤立即反驳，“会议研究，当然要畅所欲言，我不过是提出自认为正确的主张，如何便成了攻击总理？”
“不服从我就是叛党。”孙文叫道。
“你既然这样说，随便你吧。”谭人凤愤然离席。
8月10日的东京会议造成了同盟会的分裂。事后，谭人凤、宋教仁不听黄兴的劝告，决意在长江中游开创一番局面。为此，同盟会中部分会成立，立足武昌策划行动了。中部分会带走了同盟会的大半力量，连九死一生逃出生天的刘道一也加入了。
而陶成章执意在江浙发展，光复会的残余力量将目光转向了东南。
坚定支持孙文的还是广东派。鉴于同盟会的现状与孙文的强烈要求，同盟会“正宗”部分正式改组为中华革命党，以孙文为总理，并且建立了执行机构。但他们也清楚，对付龙谦控制下的广东，怕是要比满清统治下的情形更难了。黄兴、刘揆一这两个华兴会首脑既不赞成孙文的主张，又痛心于同盟会分裂，夹在其间，十分为难。
为表示继续支持孙文的革命大业，黄兴、刘揆一最终还是加入了中华革命党。
8月10日的东京会议事实上宣告了同盟会的历史使命已经终结。孙文这位性格坚定一手掀起反清浪潮的领袖从此淡出历史舞台，是历史局限所致。他始终要求同盟会内部无条件服从他，就像臣民臣服皇帝一样。他一直没有搞清楚一个现代政党中领袖与党员的正确关系，究竟是先有领袖再有政党还是先有政党再有领袖，以及政党的领袖是怎样形成的。他始终没有意识到，个人在历史洪流既以形成后的作用问题，正是因为他长期远离斗争一线，才导致了其在组织内的威望下降。而最为关键的是领导权的问题，自龙谦打出反清大旗，孙文已经认识到，反清的主导权不在自己了。这将导致在满清垮台后的中国权力格局中无自己的一席之地。助清抗龙不妥，助龙灭清心又不甘，背后不能说没有权力欲望作怪。