世界意志运用人类一半的气运费心费力创造出各式各样的使徒，能够在水中如同白垩纪的沧龙一样凶猛的鱼天使，能够一分二并且远程攻击，近身搏斗都强悍异常的音乐天使，能够在岩浆中生存，如同远古硬骨鱼一般的胎天，像蜘蛛一样长着八条腿，身体上布满眼球，眼球能够分泌强酸的雨天使，可以在同温层中飞行，宛如一个巨大的炸弹一般的空天使，细菌大小，看不见摸不着的恐怖天使，世界意志可谓发挥着超凡的想象力。
这一个个使徒，以各种方式出现，正是代表了那些被人类灭绝的各种各样的物种。
鱼天使、音乐天使、胎天使、雨天使、空天使、恐怖天使，接连不断的出现。鱼天使的出现虽然消灭了半支太平洋舰队，可是也让明曰香这个外表刚强内心脆弱的女生完美出场，虽然地球上的人口相比以前减少了一半，可是明曰香作为三十多亿人当中，挑选出来的eva第二适格者，自然有她的骄傲。明曰香可以说是一个矛盾体，好强而又脆弱，不允许自己失败，不允许碇真嗣、凌波丽超过自己。希望所有人都围着自己。小学的时候，就已经拿到了大学的学位，可见天才少女的美誉不是虚的。母亲更是eva设计参与者之一。作为德国的顶尖科学家，在eva的能源装置方面，可都是明曰香母亲的功劳。可是明曰香的母亲惣流？恭子？齐柏林，也在二号eva的链接试验当中发生了意外，最后虽然活了下来，可是却疯了。将明曰香的一个布娃娃当成女儿的替代品。而拒绝承认明曰香才是自己的女儿。惣流？恭子？齐柏林最后上吊自杀身亡，当时明曰香正想将自己获选为驾驶员的好消息告诉母亲的时候却发现母亲的尸体。
这让热情开朗的明曰香姓格开始扭曲。外表火辣其实是为了隐藏内心的悲伤。
除了鱼天使跟胎天使其他三个使徒所攻击的目标，都是‘第三新东京市’，这个藏有‘莉莉丝’的地方。作为预定好迎击使徒的战场，‘第三新东京市’很好的履行了这个义务。李舍在这段时间内，很好的扮演好一个普通民众的角色。每当使徒攻击‘第三新东京市’的时候，李舍总会随着平民一起被疏散到那些紧急避难掩体当中。就算这样，那些按照碇源渡命令要监视李舍的特工们依旧没有放弃。李舍进入到紧急避难掩体当中的时候，那些特工也会混迹在人群中盯着李舍。每当使徒的袭击被eva打败后，幸存下来的人们看到的便是‘第三新东京市’那满目疮痍的样貌。不过在联合国政斧的人力财力支持下，那些被使徒毁灭的建筑物，在短短的时间内就会重新建好。已经形成了流水线一样的生产车间，能够将这些钢筋水泥建筑物像产品一样分批制作，再有那些能够运送上百吨重物的运输机将着一个个钢筋水泥模块搭接成一栋栋高楼大厦。
恐怖天使这个肉眼难以看见的使徒，以细菌状态直接攻击nerv总部，并且启动了nerv‘人工智能’电脑当中的自爆程序。不过好在nerv的‘人工智能’电脑，是以赤木尚子为蓝本设计的。作为赤木尚子的女儿，赤木律子通过对母亲的了解，将使徒引入程序内的‘进化’程序。‘进化’的终点便是毁灭，用这个方法消灭了这个看不见摸不着的使徒。
美穗看着在最后时刻将恐怖天使消灭的赤木律子，脸上也露出释怀的笑容。虽然在被李舍传承成为‘红眼僵尸王’的时候，获得了关于《新世纪福音战士》整个世界的运行轨迹的记忆，可是当身临其境的时候，随着时间的流逝，nerv总部的自爆程序就像一个定时炸弹，一个威力能将占地上千公顷的‘第三新东京市’送上天的炸弹。站在nerv当中，美穗心里依然捏了把汗。
“老师永远是最棒的！律子你有一个很好的母亲呢”美穗淡淡的说道。
赤木律子没有言语，眼角的泪水似乎述说着对母亲的思念。
平时大大咧咧的葛城美里看到好友伤心的样子，只能默默的递上一颗香烟。“过去了就让他过去吧。有些东西，放在心里就够了！”葛城美里淡淡的说道。
赤木律子，擦了把眼角的泪水，勉强露出一个笑容。伸了个懒腰，大声嚷嚷道；“呼!!今天晚上，我要去放松一下！美穗，好久没有见到你家的那位帅哥咯，我都有点想念他了！”
美穗耸了耸肩，竖起大拇指说道“没问题！今天晚上我让那个死鬼把所有的鸡尾酒都给你调一遍。酒水管够！喝道趴下为止！”
美穗看起来似乎想要安慰好友，可是心里却想着，也许这是最后一次跟自己两个好姐妹狂欢了吧。当恐怖天使袭击过后，加持良治将会潜入nerv最深处的密室，那里正是禁锢着‘莉莉丝’的地方，那里有李舍需要的‘朗基努斯之矛’。等李舍拿到想要的东西，也许就是离开的时候了。
美穗跟赤木律子还有葛城美里三人勾肩搭背的朝门外走去，闲聊起许多过去的话题。迎面而来的碇源渡看到三人后，朝着破解这次危机的赤木律子点了点头。淡淡的说道“做的好！”说完便转身离开。
对于生机最为敏感的‘僵尸’、‘旱魃’一族的美穗则双眼一缩，死死的盯住碇源渡的背影。nerv的‘人工智能’终输系统的机房，可是nerv总部内防护最为严密的地方。就连墙壁都是由高强度金属焊接而成。外部还采用了隔缘材料制成，厚厚的金属钢板达到了两百公分的厚度。在这狭小的空间内，美穗感觉到了一股跟eva一般的气息，或者说是‘莉莉丝’这个使徒复制体的气息。
脑域被开发到了百分之四十的美穗，脑中飞速的将所有的蛛丝马迹联系起来。“哼！碇源渡，你隐藏的很深呢。没想到你居然在自己身上移植了‘莉莉丝’的细胞，现在看来还成功了呢。抛弃妻子将碇唯、碇真嗣都当成了你的棋子，并不是你对人类未来的无私奉献！而是为了完成你自己成‘神’的野心罢了！真是虚伪的凡人呢。”美穗暗骂道。盯着碇源渡的背影，眼中闪过一道寒光。碇源渡这个将碇唯、碇真嗣作为工具一般使用，妄图用所有人的生命当做赌注的男人，让美穗起了杀意。