程维藩从杭州坐船到南浔之时，反覆推考，已思得良策，心想这部《明书辑略》流传已久，隐瞒是瞒不了的，唯有施个釜底抽薪之计，一面派人前赴各地书铺，将这部书尽数收购回来销毁，一面赶开夜工，另镌新版，删除所有讳忌之处，重印新书，行销于外。官府追究之时，将新版明史拿来一查，觉吴之荣所告不实，便可消弭一场横祸了。当下便将此计说了出来。庄允城惊喜交集，连连叩头道谢。程维藩又教了他不少关节，某某官府处应送礼若干，某某衙门处应如何疏通，庄允城一一受教，再送程维藩一笔厚礼。
程维藩回到杭州，隔了一个多月，才将原书及吴之荣的禀帖移送浙江巡抚朱昌祚，轻描淡写的批了几个字，说道投禀者是因赃已革知县，似有挟怨吹求之嫌，请抚台大人详查。
吴之荣在杭州客店中苦候消息之时，庄允城的银子却如流水价使将出去。其时庄允城的重赂，已经送到将军衙门、巡抚衙门、学政衙门和湖州知府衙门。朱昌祚接到公事，这等刊书之事，属学政该管，压了十多天后，才移牒学政胡尚衡。学政衙门的师爷先搁上大半个月，又告了一个月病假，这才慢吞吞的拟稿文，将公事送到湖州府去。
湖州府学官又耽搁了二十几天，才移文归安县和乌程县的学官，要他二人申覆。那两个学官也早得到庄允城的大笔贿赂，其时新版明史也已印就，二人将两部新版书缴了上去，回禀：“该书平庸粗疏，无裨世道人心，然细查全书，尚无讳禁犯例之处。”层层申覆，就此不了了之。
吴之荣直到在书铺中现了新版明史，方知就里，心想唯有弄到一部原版明史，才能重揭此案。杭州各家书铺之中，原版书早给庄家买清，当下前赴浙东偏僻州县搜购，岂知仍然一部也觅不到。他穷愁潦倒，只得废然还乡。也是事有凑巧，旅途之中，却在一家客店中见到店主人正在摇头晃脑的读书，一看之下，所读的便是这部《明书辑略》，借来一翻，竟是原版。这一下大喜过望，心想若向客店主人求购，一来他未必肯售，二来手头银钱无多，买不起，只好偷。深夜之中悄悄起床，偷了书便即溜出店门，心想浙江全省有关官员都已受了庄允城之贿，一不做，二不休，索性告到北京城去。
吴之荣来到北京，便写了禀帖，告到礼部、都察院、通政司三处衙门，说明庄家如何贿赂官员，改镌新版。
不料在京中等不到一个月，三处衙门先后驳覆下来，都称细查庄廷鑨所著《明书辑略》一书，内容并无违禁犯例，该革职知县吴之荣所告，并非实情，显系挟嫌诬告，至于贿赂官员云云，更系捕风捉影之辞。那通政司的批驳更加严厉，说道：“该吴之荣以贪墨被革，遂以天下清官，皆如彼之贪。”原来庄允城受了程维藩之教，早将新版明史送到了礼部、都察院、通政司三处衙门，有关官吏师爷，也早已送了厚礼打点。
吴之荣又碰了一鼻子灰，眼见回家已无盘缠，势将流落异乡。其时清廷对待汉人文士极为严峻，文字中稍有犯禁，便即处死，吴之荣所告的若是寻常文人，早已得手，偏生遇着的对手是富豪之家，这才阻难重重。既无退路，心想拚着坐牢，也要将这件案子干到底，当下又写了四张禀帖，分呈军机处的四位顾命大臣；同时又在客店中写了数百张招纸，揭露此事，在北京城中到处张贴。他这一着却大是行险，倘若官府追究起来，说他危言耸听，扰乱人心，不免有杀头的重罪。
那四个顾命大臣，名叫索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜，均是清朝的开国功臣。顺治皇帝逝世之时，遗诏命这四大臣辅政。其中鳌拜最为凶横，朝中党羽极众，清廷大权，几乎尽操于他一人之手。他生怕敌党对其不利，是以派出无数探子，在京城内外打探动静。这日得到密报，说道北京城中出现许多招贴，揭浙江庄姓百姓著书谋叛，大逆不道，浙江官员受贿、置之不理等情。
鳌拜得悉之下，立即查究，登时雷厉风行的办了起来。便在此时，吴之荣的禀帖也已递入鳌拜府中。他当即召见吴之荣，详问其事，再命手下汉人幕客细阅吴之荣所呈缴客店中偷来的那部原版明史，所言果是实情。
鳌拜以军功而封公爵、做大官，向来歧视汉官和读书人，掌握大权后便想办几件大案，镇慑人心，不但使汉人不敢兴反叛之念，也令朝中敌党不敢有甚异动，当即派出钦差，赴浙江查究。这一来，庄家全家固然逮入京中，连杭州将军松魁、浙江巡抚朱昌祚以下所有大小官员，也都革职查办。在明史上列名的文学之士，无一不锒铛入狱。
顾炎武在吕留良家中，将此案的来龙去脉详细道来，吕留良听得只是叹息。当晚三人联榻长谈，议论世事，说到明末魏忠贤等太监陷害忠良，把持朝政，种种倒行逆施，终至明室覆亡，入清后汉人惨遭屠戮，祸难方深，无不扼腕切齿。
次日一早，吕留良全家和顾黄二人登舟东行。江南中产以上人家，家中都自备有船，江南水乡，河道四通八达，密如蛛网，一般人出行都是坐船，所谓“北人乘马，南人乘舟”，自古已然。
到得杭州后，自运河折而向北，这晚在杭州城外听到消息，清廷已因此案而处决了不少官员百姓：庄廷鑨已死，开棺戮尸；庄允城在狱中不堪虐待而死；庄家全家数十口，十五岁以上的尽数处斩，妻女配沈阳，给满洲旗兵为奴。前礼部侍郎李令皙为该书作序，凌迟处死，四子处斩。李令皙的幼子刚满十六岁，法司见杀得人多，心肠软了，命他减供一岁，按照清律，十五岁以下者得免死充军。那少年道：“我爹爹哥哥都死了，我也不愿独生。”终于不肯易供，一并处斩。松魁、朱昌祚入狱候审，幕客程维藩凌迟弃市。归安、乌程的两名学官处斩。因此案牵连，冤枉而死的人亦不计其数。湖州府知府谭希闵到任还只半月，朝廷说他知情不报，受贿隐匿，和推官李焕、训导王兆祯同处绞刑。
吴之荣对南浔富人朱佑明心下怀恨最深，那日去打秋风，给他抢白了一场，逐出门来，当下向办理此案的法司声称，该书注明依据“朱氏原稿增删润饰而成”，这朱氏便是朱佑明了；又说他的名字“朱佑明”，显是心存前明，咒诅本朝。这一来，朱佑明和他五个儿子同处斩，朱家的十余万财产，清廷下令都赏给吴之荣。
最惨的是，所有雕版的刻工、印书的印工、装钉的钉工，以及书贾、书铺的主人、卖书的店员、买书的读者，查明后尽皆处斩。据史书记载，其时苏州浒墅关有一个榷货主事（关吏）李尚白，喜读史书，听说苏州阊门书坊中有一部新刊的明史，内容很好，派一个工役去买。工役到时，书店主人外出，那工役便在书铺隔壁一家姓朱的老者家中坐着等候，等到店主回来，将书买回。李尚白读了几卷，也不以为意。过了几个月，案子作，一直查究到各处贩书买书之人。其时李尚白在北京公干，以购逆书之罪，在北京立即斩决。书店主人和奉命买书的工役斩。连那隔壁姓朱老者也受牵累，说他既知那人来购逆书，何以不即举报，还让他在家中闲坐？本应斩，姑念年逾七十，免死，和妻子充军边远之处。